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酶生物反應器具有不同類別，操作過程中應從酶的應用形式、酶的反應動力學性質、底物和產物的理化性質等方面考慮并選擇合適的酶生物反應器。
 
1.根據酶的應用形式
1)對于游離酶，其在應用中與底物一起溶解在反應溶液中，通過互相混合進行催化反應，可用于攪拌罐式反應器、膜式反應器、鼓泡式反應器和噴射式反應器等。
2)對于固定化酶，其在一定空間范圍內進行催化反應，穩(wěn)定性較高且可重復利用，可用于攪拌罐式反應器、填充床式反應器、鼓泡式反應器和膜式反應器等，具體可根據酶的形狀、顆粒大小及穩(wěn)定性進一步選擇。
 
 
2.根據酶反應動力學
1)從混合程度看，攪拌罐式反應器、流化床式反應器、鼓泡式反應器均具有較好的混合效果，而填充床式反應器和膜式反應器的混合效果較差。
2)從高濃度底物抑制作用看，游離酶進行的反應可采用膜式反應器，控制底物濃度進行連續(xù)操作；固定化酶進行的反應可采用連續(xù)攪拌罐式反應器、填充床式反應器、流化床式反應器、膜式反應器，控制一定底物濃度進行連續(xù)操作。
3)從產物的反饋抑制作用看，游離酶和固定化酶都可選用膜式反應器，可及時將小分子產物分離出反應體系，降低甚至消除小分子產物引起的反饋抑制作用。固定化酶也可采用填充床式反應器降低產物的反饋抑制作用。
4)從催化溫度看，噴射式反應器適宜耐高溫酶的催化反應，利用高溫蒸汽噴射實現酶與底物的快速混合。

 
 
 
3.根據底物或產物的理化性質
1)從溶解性看，可溶性底物適用于任何類型的反應器，顆粒狀底物和黏度較高的膠體底物不宜選用膜式反應器或填充床式反應器，適宜選用攪拌罐式反應器和流化床式反應器。
2)從分子質量看，小分子質量的產物可選用膜式反應器，實現產物在線分離。
3)從物理形態(tài)看，底物或產物為氣體時可選用鼓泡式反應器，減少產物的抑制作用。
4)對于需要小分子物質作為輔酶的催化反應，通常不采用膜式反應器，避免輔酶流失。
操作過程中應結合反應情況和實際因素，選擇最為合適的酶生物反應器。
   

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